Posao farmaceutskog tehničara razlikuje se ovisno o tome radi li u ljekarni, laboratoriju ili farmaceutskoj proizvodnji.
Farmaceutski tehničar koji radi u ljekarni bavi se pripravljanjem različitih farmaceutskih pripravaka. Priprema lijekova odnosi se na dozirano miješanje različitih sastojaka u obliku otopina, krema, čajeva, masti i dr. prema standardnim receptima. Vodi laboratorijski dnevnik odnosno popis svih pripravaka napravljenih u laboratoriju ljekarne, također vodi evidenciju rokova lijekova i dr.
Farmaceutski tehničar koji radi u laboratoriju priprema i kontrolira funkcionalnost laboratorijske opreme te priprema i provodi kontrolu i identifikaciju supstancija. Nakon pripreme za rad provodi različite fizikalno-kemijske i biološke analize laboratorijskih uzoraka poradi utvrđivanja njihove kvalitete. Kad završi propisane analize, skladišti laboratorijske uzorke, a tijekom radnog dana vodi laboratorijski dnevnik o svim radnim zadacima, fazama posla i njihovom trajanju.
Farmaceutski tehničar koji radi u farmaceutskoj i kozmetičkoj industriji priprema proizvodnju te nadzire tehnološke faze (otapanje, tabletiranje, mljevenje, sijanje) u proizvodnji farmaceutskih i kozmetičkih preparata (injekcija, sirupa, otopina, masti, tableta, granula i dr.). Nadzor obuhvaća i provjeru ispravnosti vitalnih dijelova postrojenja, identifikaciju i kontrolu svih važnih sirovina koje ulaze u proizvodni proces. Nadzire i rad radnika u proizvodnji, daje radnicima zadatke te izvještava nadređene o stanju postrojenja i radu kadrova. Evidentira proizvedenu količinu i kvalitetu proizvedenih roba.